23.7. - 27.7.

Už byl

21.7. - 11.8.

4.-18.8.

16.8.-7.9.

Všechno vzniklo během dnešní konzultace s Kimem, kdy Kim na svém laptopu klikal a sděloval a konzultoval nedostatky. Berte to s rezervou, ale bylo by dobré, kdyby to fungovalo.

• problém načíst velké soubory (>2,5 GB) - opp22ul1 - u mě zdá se v pořádku, zjistím více - způsobeno 32 bitovou verzí ImageMagicku (vyřešeno instalací 64 bitové verze)

• příliš velké zobrazení - neoptimalizováno pro různá rozlišení - optimalizovat pro 1280×1024 px.

• nelze zapnout z menu (main.exe) viz Chyba č. 2 (kontroloval jsem, nahrál jsem do SVN novou verzi, nespíš tam někde chyběl zapomenutý end. Vše by mělo jet, potřeba asi znova zbuildovat exe a vyzkoušet.)

• ne vždy funguje zadávání masky (Kimovi se to rozjelo až na potřetí), nefunguje ukončení zadávání dvojklikem, musí se manuálně přes právé kontextové menu a Create Mask, možná pomůže Chyba č. 3snad opraveno Martin M. - aktuálně v SVN
• výběr v křivce - vybíralo se třikrát - asi podle počtu relací otevřných výše - zde podivně funguje stav, kdy bych chtěl provést výběr oblasti (ROI a prekontrast a flash fáze) provést 2x
• bylo by vhodné doplnit zobrazení informačních hlášek po správném výběru křivky a po provedení konverze, takhle je to neintuitivní
• i přes spoustu vyhozených chyb je umožněno stisknout Start conversion a ono to i nějak funguje (?)
• jak je to u výběru AIF, kdy není v sekvenci burst

• co vybíráme?, jak to funguje?
• co se vykresluje na závěr, resp. co se ukládá?
• v Command Window se zobrazuje Warning s každým kliknutím v sekvenci (trošku to zahlcuje)
• nastavení cest zkontrolovat
• možná je to i jinde, nejenom tady. Pokud nejsou obsaženy acq parametry (není provedena konverze na koncentraci), tak hodí Chybu č. 6 - špatně ošetřený vstup

• po určité konverzi nefunguje výběr oblasti - chyba při odečítání isolinie - někým doplněné řádky funkce do mého kódu! lines 870-882 in gui_tissue_selection.m - funkce, která odečítá isolinii(viz Chyba č. 1 níže)
• to samé pro AIF selection

• model u bolus & burst nefituje - to asi individualne dle dat, Kim má pocit, že je to především u dat, kde je velký off plane pohyb
• vypíše se Analysis complete, ale nic se nezobrazí (aspoň nějaký výsledek, že MTT je tolik a tolik, popř. už otevřít vizualizaci už)
• viz Chyba č. 5 - u ROI Tracking patrně špatně nastavené uložení masky, nebo něco chybí - v browseru to nic nevykreslí a perf. analýza vyhodí tuto chybu, a přesto jde něco uložit (potom samozřjmě chyba ve vizualizaci)

• nepodařilo se nám přijít na to jak to funguje
• Kim by v ideálním případě využíval donahrání AIF sekvence z druhého datasetu (což je možná prakticky nemožné kvůli různým počtům framů nebo tak) - tady to jsme zkoušeli, ale nedokončili, protože Conversion modul u dat bez burstu nevíme jak funguje, když jsme to zkusili tak vypadla chyba při odečítání isolinie (nefungující - patrně vyjde hodnota NaN soudě dle chyby), prto jsme se nedostali přes výběr oblasti (viz výše)

• chyba č. 4 - při kliknutí na Show curves, popř. Parameter Range (doplním)
• prosím o přdělání typu tlačítek z Toggle Button na klasický Button (je to matoucí)

Chyba č. 1 ??? Error using =⇒ minus Matrix dimensions must agree.

Error in =⇒ gui_tissue_selection>subtract_baseline at 880

          roi_0 = roi_0 - baseline;

Error in =⇒ gui_tissue_selection>b8_add at 377

          roi_0 = subtract_baseline(data{end}.info, roi_0);

??? Error while evaluating uicontrol Callback

Chyba č. 2 Error: File: gui_registration.m Line: 1009 Column: 1 The function “pushbutton14_Callback” was closed with an 'end', but at least one other function definition was not. To avoid confusion when using nested functions, it is illegal to use both conventions in the same file.

Error in main/Registration_fcn (line 95)

      gui_registration

Chyba č. 3

Error while evaluating uicontrol Callback [10:14:23] Kim Nylund: Error in impoly>impolyAPI/getVertexContextMenu (line 490)

      vertex_cmenu = get(getVertexHGGroup(h_vertices{1}),'UIContextMenu');

Error in impoly>impolyAPI/setColor (line 449)

          updateColorContextMenu(getVertexContextMenu(),color);

Error in createROIContextMenu (line 35) setColor(color_choices(1).Color);

Error in impoly>impolyAPI/createVertexContextMenu (line 746)

      vertex_cmenu = createROIContextMenu(h_fig,getPosition,@setColor);

Error in impoly>impolyAPI (line 284)

cmenu_vertices = createVertexContextMenu();

Error in impoly (line 97)

          [h_group,draw_api] = impolyAPI(varargin{:});

Error in iptui.roiPolygon (line 11)

          obj = obj@impoly(h_parent,[]);

Error in createWaitModePolygon (line 18) h_poly = iptui.roiPolygon(h_ax,finished_cmenu_text);

Error in roipoly>parse_inputs (line 173)

  [xi,yi,placement_cancelled] = createWaitModePolygon(gca,cmenu_text);

Error in roipoly (line 81) [xdata,ydata,num_rows,num_cols,xi,yi,placement_cancelled] = parse_inputs(varargin{:});

Error in gui_conversion_simple/butt_flash (line 352)

      [BW,x_vect,y_vect]=roipoly();
      

Chyba č. 4 ??? Error using =⇒ get Invalid handle object.

Error in =⇒ imagemodel.imagemodel>imagemodel.getClassType at 351

              imageclass = class(get(imgmodel.ImageHandle,'CData'));

Error in =⇒ imagemodel.imagemodel>imagemodel.getNumberFormatFcn at 579

          imageClass = getClassType(imgmodel);

Error in =⇒ imagemodel.imagemodel>imagemodel.getDataFromImageTypeFormatter at 850

          [formatNumber, containsFloat] = getNumberFormatFcn(imgmodel);

Error in =⇒ imagemodel.imagemodel>imagemodel.getDefaultPixelInfoString at 374

          string = getDataFromImageTypeFormatter(imgmodel,'DefaultPixelInfoString');

Error in =⇒ impixelinfoval2>displayPixelInfo/displayDefaultString at 178

             defaultPixelInfoString = getDefaultPixelInfoString(imageModels);

Error in =⇒ impixelinfoval2>displayPixelInfo at 86

         displayDefaultString;

Error in =⇒ iptaddcallback2>callbackProcessor at 150

                  fun(varargin{:});

Error in =⇒ iptaddcallback>callbackProcessor at 150

                  fun(varargin{:});

??? Error while evaluating figure WindowButtonMotionFcn

Chyba č. 5 ??? Error using =⇒ optimset at 242 Invalid value for OPTIONS parameter Display: must be 'off','on','iter', 'iter-detailed','notify','notify-detailed','final', or 'final-detailed'.

Error in =⇒ deconv_bolusburst_paramtrf_completeparamAIF_v3 at 379 options=optimset('TolX',1e-20,'TolFun',1e-20,'Display','no','DiffMinChange',1e-20,'DiffMaxChange',1e-10,'HessUpdate','bfgs','MaxFunEvals',1e10,…

Error in =⇒ gui_perfan>start_analysis at 794

                  [model, betainv, mtt,v,f,delay,precision,trf_out,aif_out, k1, s1, mu1, k2, s2, mu2,
                  shift] = deconv_bolusburst_paramtrf_completeparamAIF_v3(tis,Ts, edge_start, flash1,
                  flash2, fla 

??? Error while evaluating uicontrol Callback

Chyba č. 6 ??? Reference to non-existent field 'acq'.

Error in =⇒ roi_track>b1_browse at 113

                  if ~isfield(data{end}.info.acq,'precontrast')

??? Error while evaluating uicontrol Callback

• umožnit zadávání Ts v importu UZV dat

• přehled financování grantu
• návrh na společné scůzky formou snídaně - CIT snídaně
  • první návrh v pátek na 8:00
  • první schůzka 23.9.2011 - bez Radovana a Vládi Schůzka se ruší pro nedostatek osazenstva
  • Martin nakoupí snídani
  • Vrátik nám něco poví

• manuální registrace dat z uzv
• automatická registrace dat z MRI s manuální korekcí předkontrastní sekvence

• Win XP 32bit, 2GB RAM, Matlab 2010a
• Main problem: browser shows higher image parts and mirrored coordinate numbers
  • solved: by the following command in the Matlab command window before running our soft: opengl software
  • This will fix the problem - a problem of some graphical cards, by this we switch to a software implementation of the OpenGL
• “Auto” button has no reaction with the imported sequence
• In Registration module after loading of the (downsampled) sequence: “reference to nonexistent field data2” error when moving a slide bar in the browser of the input sequence
  • solved by Radovan but needs to be checked by Vrata

• recommendations / ideas
  • to save time on registration: downsample images, apply the found geometry-transformations to the sequence before downsampling, parallelization
  • add feature to the manual registration module: removal of the selected frames and replacement by the surrounding frames

• komplilace DCE-US softwaru v aktuální verzi
  • zkompilováno na školní verzi Matlabu 2009b, Matlab Compiler Runtime je proto ve verzi 7.11 (32 bit) - u Radovana na UPT je jiný!!! (verze 7.12)
  • pro správné načtení i největších DICOM sekvencí je nutný Image Magick ve verzi 6.7.1-Q16, 64 bitový
• instalace DCE-US softwaru na MOU Brno
  • instalace v pořádku, software se rozběhne, problémem tedy byl vcredist_x86.exe, který musí být přímo z Matlabu (adresář bin)
  • pořád se převod na koncentraci chová nestandardně!! - pokud načtu data po downsamplingu, konverze proběhne, ale pokud zkonvertovaná data načtu v bloku ROI selection, tak zhavaruje browser - viz chyba_mou.png - opraveno Michal, viz SVN
  • bez downsamplingu to funguje v pořádku

• VISUALIZATION
  • ukládání obrázků, zoom
• MANUAL REGISTRATION
  • ještě znovu zkusit - na 32-bit win out of memory při stisku start
• REGISTRATION
  • udělat blbuvzdorný - ošetřit tlačítka před načtením sekvence
• CONVERSION
  • uložil bez vynulování začátku a flash, možná i bez posunutí!!!
  • dodělat konverzi přes ROI pro GE, zatím je jenom umocnění
  • po konverzi zobrazit v browseru ihned snimek s novym kontrastem
  • waitbar u save (u všech modulů)
• PERFAN
  • starý bolus & burst a ostatní: zkontrolovat klikání na signál
  • progressbar
• SCALING
  • progressbar při kliknutí na scaling
  • ideálně dodat překryv
• IMPORT
  • při načtení více souborů se otevírá více browserů, po zavření aplikace zůstane jeden z browserů viset

• BROWSER
  • chyba při konverzi na konc. v nastavení na GE po provedení koncentrace a zavření okna modulu (při otevřeném okně dot operation):

Nevím, kdo sem tu chybu postnul, nějak se v té wiki nevyznám ještě. Tohle není chyba browseru, tohle je chyba jeho obsluhy - ta delete funkce musí být volána dřív než jsou vymazány globální handles. Martin M. ??? Error using =⇒ set Invalid handle object.

Error in =⇒ dot_operations_new_structure>delete_callback at 53

      set(source,'Value',0) % untoggle button for dot
      operations

??? Error using =⇒ delete Error while evaluating figure DeleteFcn

6.11.2012 má snídani: Radovan